溫度是蜂蜜貯存的一大關鍵。蜂蜜最好采用低溫保存，以抑制某些微生物的生長和繁殖，有利于保持蜂蜜原有的新鮮狀態。在5℃～ 10℃低溫條件下蜂蜜可保存一年，而常溫下不宜超過半年。

若想使蜂蜜長久保存，不能用金屬、塑料類容器貯存蜂蜜，可將蜂蜜用玻璃或陶瓷類容器裝好，然后按每 500 克加1片生姜的比例放入適量姜片，密封后放在干燥、陰涼通風處存放。蜂蜜不能與有毒物質、有異味的物品一起存放，以免串味，影響蜂蜜的色味品質。

蜂蜜放久了，在瓶底會出現像白砂糖一樣的沉積物，不利于蜂蜜的取用。可以連瓶一起放在涼水鍋里慢慢加溫，當水溫達到 70℃～ 80℃時，沉淀物即會融化，并再也不會沉淀。