其實，飲水機由于長時間使用和水的浸泡，非常容易滋生細菌。據(jù)抽樣調查顯示，大多數(shù)正在使用的飲水機內，含有嚴重超標的大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、沙門氏菌、霉菌、厭氧菌、綠膿桿菌等，這些病菌將同飲用水一起被人飲用。

雖然飲用水是干凈的，可是飲水機的加熱膽卻是“藏污納垢”的場所。飲水機的內膽底部長期存有1000 毫升的積水，可以防止干燒，而從飲水機外部進入的灰塵等雜物也沉淀于此。由于積水長期得不到更新、經常接觸到空氣等原因，這里便成了細菌繁殖的溫床，而人們日常飲用的水正是流經這里出來的。

目前市場上有一種高壓噴淋消毒液，在對飲水機內部充分消毒的前提下，可迫使機內附著物徹底排出。一般消毒也可用浸泡、薰蒸消毒及飲水機解體清洗等。